Po požiari kláštorného komplexu v Hronskom Beňadiku v roku 1881 boli pri výskume v gotickom kostole a jeho blízkosti odkryté základy trojloďovej románskej baziliky - pôvodného kláštorného chrámu z 11.- 12. storočia.
Až do 11. storočia datoval archeológ Zoltán Drenko najstarší zo stredovekých kostolov, ktoré odkryl v polohe Kostolisko v obci Dolné Strháre pri výskume v rokoch 1972 - 1975.
Na jar v roku 2019 odkryl archeologický výskum pod vedením Petra Tajkova z TU v Košiciach v areáli zaniknutého pavlínskeho kláštora kaplnku centrálneho pôdorysu. Objekt sa dovtedy javil ako bastión či bašta opevnenia zo 16. storočia.
V roku 1935 odkryl výskum Václava Mencla pred súčasnou Starou tržnicou v centre Bratislavy základy trojloďového kostola datovaného pôvodne do druhej polovice 13. storočia.
Až v roku 2020 objasnil archeologický výskum počiatky reformovaného kostola v obci Žíp. Súčasná stavba, ktorej počiatky siahajú do obdobia konca 13. storočia, mala staršieho predchodcu.
