Pri archeologickom výskume lokality Kostolisko pri Poltári v rokoch 1965 - 1966 boli odkryté okrem iného aj zvyšky opevneného stredovekého kostolíka datovaného do 2. polovice 13. storočia.
V roku 2004 pri románsko-gotickom Kostole sv. Juraja odkryl archeologický výskum iniciovaný nálezom ľudských kostí pri výstavbe rodinného domu murivo stavby identifikované ako gotický karner.
V roku 1987 odkryl archeologický výskum vedený Michalom Slivkom a Františkom Javorským na Michalskom vrchu v Kežmarku zvyšky zaniknutého Kostola sv. Michala.
Pri archeologickom výskume v polohe Vojenské cvičisko pri ceste z Levoče do Spišskej Novej Vsi bol v roku 1978 odkrytý kostol, ktorého pôvod siaha možno ešte do 12. storočia.
V lete roku 1974 boli v katastri obce Budmerice, v polohe "Pieskovisko", odkryté zvyšky stredovekého kostolíka, ktorý podľa všetkého patril zaniknutej obci Fančal.
Počas výskumu románskogotického kostola v Seni v rokoch 2004 - 2005 boli pri severnej strane svätyne odkryté zvyšky pristavanej sakristie, ktorá mala netradičný pôdorys šesťbokej centrály.
Sondážny archeologický výskum v interiéri gotického Kostola sv. Martina v Hontianskej Vrbici v rokoch 2014 a 2015 zachytil murivo staršej románskej stavby.
